Candy Fairy est un jeu de tir en scrolling vertical dans lequel vous incarnez une fée vivant dans un monde fait de sucreries. Le but du jeu est de diriger la fée qui tire des projectiles en continu pour détruire les différents ennemis et d'éviter les obstacles qui viendront se mettre en travers de votre route. À la manière des jeux d'avion hérités des anciennes consoles de jeux, vous devrez ramasser des objets pour améliorer le tir de votre fée et venir à bout des ennemis les plus coriaces. Candy Fairy est aussi un jeu de réflexes qui vous forcera souvent à devoir prendre des décisions instantanées pour vous en sortir. Le jeu intègre, en outre, une dimension jeu de rôle qui vous permet d'amasser de l'expérience pour faire monter votre fée en niveau entre les missions.